El Club Atlètic Sant Joan, se fundó en el año 2006, gracias a dos compañeros de trabajo llamados David Molina y Rosario Pignatello. El club se iba a fundar para jugar de maner lucrativa en una liga de empresa, era más que nada para pasárselo bien. Pero uno de ellos que en aquel momento jugaba a fútbol en la UE Les Fonts, decidió ir a hablar persona que el conocía, la persona en concreto se llama Juan Espinar, y tras hablar con el acordaron empezar a buscar gente que quisiera jugar a fútbol sala, pero no en una liga de empresa si no en una Federada.

Los dos chavales se pusieron a hablar con sus propios compañeros de trabajo para ver si alguno quería formar parte de este nuevo proyecto. El club costó mucho crear ya que tanto la federación, como la gente a la cual no interesaba que naciera un club nuevo, ya que perderían subvenciones. El primer problema que tuvieron era que el administrador de la pista donde quería jugar, no les permitía usarla, ya que decía que estaba siempre ocupada por un club de niños, cosa que no ers verdad. Después de muchas discusiones, una persona decidió ir a hablar directamente con el Ayuntamiento de Terrassa para pedirles la cesión de las instalaciones para poder jugar. La mayor sorpresa fue que al informar a las personas encargadas en aquelmomento del deporte terrassense, no le pusieron ningún problema para poder usarla. Al salir de la reunión se fueron directamente a hablar con el gerente de las instalaciones, que al explicarle que el Ayuntamiento había dado su consentimiento, no se pudo negar.

El segundo problema con el que se enfrentaron fue lo caro que era inscribir un equipo en la Federación Catalana de Fútbol, era un club muy pequeño y sin ningún tipo de ingreso, tuvo que informar a todos aquellos que se apuntaron que deberían hacer un esfuerzo muy grande al tener que buscar a gente conocida que quisiera aportar dinero al club para poder pagar la incripción.

Después de estar más de un mes con la incertidumbre si podrían o no jugar, consiguieron el dinero necesario para poder inscribirlo. En principo iban a jugar en 3ª División, pero la Federación decidio suprimirla y la pasó a llamar 2ª B, que aún era muchísimo más económica que la anterior.

El club se creó oficialmente el día 16 de Mayo del 2006, y los entrenamientos de aquella primera plantilla fue el día 16 de Junio de aquel mismo año.

Los jugadores tuvieron que pagarse su propia ficha para poder jugar, (como la gran mayoría lo hace actualmente), ya que así los jugadores se implicarían con el club.

En aquella primera plantilla estuvieron los siguientes jugadores: Jordi Masip, Santiago Buisán, David Villatoro, Perales, Páez, David Molina, Peludo, Salva, Nico, Diego, Carlitos, Hidalgo y Josa. El entrenador fue: Rosario Pignatello.

La liga empezó en octubre y el primer partido fue en casa contra el Grupo Arrahona "C", que en aquel momento contaba con una gran plantilla.

Un año después de su creación, el club decidió hacer su primer equipo de fútbol sala base, que jugó en la liga del Consell Escolar de Terrassa, incluso les permitieron usar su propia pista, para que cada quince días jugaran sus partidos de liga en ella cómo equipo local.

En aquella primera plantilla de fútbol sala base, estuvieron los siguientes jugadores: Juan David, Laguna, Sergio, Ledesma, Javi, Juan José, Merino, Iván y Roldán. Los entrenadores fueron: Carlitos y Santiago Buisán.